了解所使用的設備的性能及安全等級，在進行實驗操作前應對實驗材料的性質有一個初步的認識，特定的病原須在潔凈工作臺中的操作必須進行安全性評估，如果實驗材料會對周圍環境或人員造成污染，應避免在不能提供人員、環境保護的潔凈工作臺中進行操作而改在生物安全柜中進行操作。

可靠的設備是實驗成功的前提，但是任何先進的設備都不能完全保證實驗的成功，在使用潔凈工作臺時，需制定并嚴格執行潔凈工作臺安全操作規程。

潔凈工作臺在使用前應檢查操作區周圍各種可開啟的門是否處于工作位置，上下推拉前窗時應盡量緩慢，然后開機凈化操作區的污染物，并開啟紫外燈照射至少30min對操作區進行殺菌，開機后應檢查潔凈工作臺正常運行指示燈，如出現故障或報警應立即停止后續工作并進行檢查，在報警或故障解除前不應使用此潔凈工作臺。

潔凈工作臺工作區內不應放置與本次實驗操作無關的物品，也不應作為儲存室；物品擺放時應避免交叉污染的可能；操作時應盡量在操作區的中心位置進行，在設計上，這是一個較安全的區域；在操作區內手臂移動或進出應盡量減小動作幅度以避免干擾氣流流型；在進行操作時應盡量減少人員在柜前走動以防止可能對潔凈工作臺操作區內氣流產生的干擾。

使用完畢后，要用75%酒精將臺面和臺內四周擦拭干凈，以保證潔凈工作臺壁面無菌，還要定期對潔凈工作臺進行消毒。

如遇設備發生故障，應立即停止使用，并請專業人員檢修合格后繼續使用。